Çok çeşitli nedenler çocuklarda başağrısına yolaçabilir. Bunlar içinde en sık görülenler sinüzit, grip,bademcik ve kulak iltihabı gibi enfeksiyonlar ve ateşli durumlardır. Görme bozuklukları, diş sorunları, uyku problemleri, çene eklemi bozuklukları, yüksek tansiyon da sıkça rastlanılan etmenlerdir. Hormonal değişiklikler, kızlarda adet kanamaları, stres, depresyon, okul, aile ve arkadaşlarla ilişkilerde yaşanan sorunlar gibi psikolojik faktörler, yeni boyanmış duvar, hava kirliliği, gürültü, bazı besinler (çikolata, kolalı içecekler, kafein, sosis tarzı yiyecekler vb), açlık gibi çevresel faktörler de çocuklarda başağrısına yolaçabilir. Ayrıca menenjit, beyin iltihabı, beyin apsesi gibi ağır enfeksiyon durumları, epilepsi (sara hastalığı), beyin tümörleri ve beyinde anevrizma (damar baloncuğu) gibi problemler daha seyrek olarak görülen ancak ciddi sorunlara yolaçabilen başağrısı nedenleridir.